Dans sa note publique du 19 janvier 1990, l’archevêque de Bombay signalait que « des doutes subsistent dans l’esprit des prêtres et des fidèles, en particulier ceux du quartier de Bandra, quant à l’orthodoxie du groupe de prière « Emmanuel » « . Déjà, au cours de sa réunion du 10 décembre 1989, le Conseil local du Renouveau charismatique catholique avait adopté une résolution demandant au cardinal de prendre les décisions qui s’imposaient en la matière. Cette seconde enquête est la réponse de l’archevêque à la demande qui lui a été adressée.
Une commission a donc été constituée, le 12 mars 1990, et elle a déjà commencé l’examen non seulement des responsables du groupe, mais aussi de certains membres ainsi que des articles publiés dans leur bulletin « Emmanuel ».