Une controverse ayant surgi sur les droits de propriété de l’établissement, les représentants de chacun des rites locaux voulurent faire valoir leur point de vue, qui allait chez certains jusqu’à revendiquer une exclusivité, même en ce qui concerne la formation des séminaristes. Or, traditionnellement, Alwaye accueillait jusqu’ici les candidats au sacerdoce de l’ensemble des diocèses de la région, tout en respectant la spécificité des traditions de chacun.
S’exprimant sur cette question portée à sa connaissance, le pape Jean-Paul II, au cours d’une visite « ad limina » des évêques latins du Kerala, souhaita qu’aucune modification ne soit apportée au statut de ce séminaire, l’un des plus importants de l’Inde et de l’Asie ; afin « qu’il reste un symbole de l’unité catholique, en recevant des étudiants appartenant à différents rites pour leur formation au sacerdoce. »
Ce n’est pas la première fois que Rome intervient pour trouver des solutions aux problèmes posés par ce que d’aucuns, de manière inappropriée, qualifient de « querelle des rites » (16). S’il existe des points de friction entre eux, une large collaboration s’affirme également entre les trois différents épiscopats (17).
