Le Département d’Etat américain, tout en reconnaissant une légère amélioration, en 1990, par rapport aux années précédentes, relève le refus persistant du gouvernement de Kaboul de rendre leurs droits civiques aux membres de l’opposition, et dénonce les atrocités auxquelles ceux-ci sont quelquefois soumis. On observe par contre une plus grande liberté religieuse et un plus grand respect des groupes musulmans minoritaires. De son côté, l’agence « Asia Watch », groupe de défense des droits de l’homme, critique le président Najibullah pour avoir laissé l’armée lancer ses missiles contre des villages ne présentant aucun intérêt militaire, effectuer des bombardements à haute altitude, et organiser l’enrôlement forcé des prisonniers. Les militants des droits de l’homme reprochent aussi aux autorités du Pakistan leur inertie face aux meurtres et tortures perpétrés par des Afghans réfugiés, et leur complicité dans le maintien du climat de peur qui s’appesantit sur Peshawar, leur centre de ralliement.
Pour la première fois, le Département d’Etat signale aussi des excès attribués aux mouvements de résistance soutenus par les Etats-Unis eux-mêmes. Les autorités américaines sont déçues par l’incapacité du gouvernement provisoire de la rébellion, réunissant sept organisations, à faire contrepoids au régime communiste qui s’est tant bien que mal maintenu en place depuis le départ, voici deux ans, de l’Armée Rouge. Par ailleurs, les chefs des deux plus importantes factions et les moins modérées de la Résistance – Gulbuddin Hekmatyar pour Hizbe-Islami, et Abdul Rasul Sayef, pour Ittehad-e-Islami – jusqu’ici activement soutenus par l’Arabie Saoudite, ont retourné leur veste à l’occasion de la guerre du Golfe par réflexe anti-israélien. Le premier d’entre eux surtout est la cible des autorités américaines qui lui imputent des massacres d’adversaires politiques, et la disparition de membres de groupes rivaux. Par ailleurs, ses orientations sont jugées trop peu libérales : il s’oppose violemment par exemple à tout ce qui contribue à l’émancipation des femmes.
De son côté, « Asia Watch » accuse les rebelles d’avoir fait des centaines de victimes civiles par des attaques aveugles à la roquette sur la capitale et d’autres villes. Ils se seraient aussi rendu coupables d’exécutions sommaires de prisonniers en de nombreux endroits. Toujours selon « Asia Watch », certains groupes de maquisards recevraient leurs ordres et leurs armes de la CIA, par l’intermédiaire de l' »Inter Services Intelligence », le 2ème Bureau pakistanais, accusé par ailleurs de favoriser les partis musulmans les plus intégristes.
