C’est après une messe à la mémoire de deux jeunes gens tués par la police quelques jours plus tôt que les troubles se sont déclenchés. Un cortège, formé d’un millier de jeunes, avait crié des slogans indépendantistes en passant devant l’hôtel où était descendu un représentant de la Commission des droits de l’homme de l’ONU, et des pierres furent jetées contre des militaires non armés stationnés à proximité. Un détachement de l’armée tentait ensuite de disperser la foule aux abords du cimetière. C’est là que la fusillade se produisit.
Selon certaines sources, l’incident aurait fait plus de cent morts. Le président du Portugal, M. Mario Soares, a aussitôt protesté avec vigueur contre « les actes répétés, d’une violence croissante, des forces indonésiennes d’occupation contre la population sans défense de Timor Oriental ».
De son côté, le général Try Sustrino, chef de l’armée indonésienne, a accusé l’Eglise catholique d’être complice: « je demande à l’Eglise catholique de s’assurer que ses lieux de culte ne sont pas utilisés pour créer des désordresa-t-il déclaré le 13 novembre 1991.
Huit jours plus tôt était arrivé à Londres un représentant de la Résistance timoraise, M. Jose Ramos Horta, qui venait demander à la Grande-Bretagne – important fournisseur de l’armée indonésienne – de faire pression sur l’entourage de M. Suharto pour que cesse à Timor la répression sanglante qui s’aggrave chaque jour (14). Il citait entre autres le cas tout récent de deux jeunes gens auxquels les autorités avaient fait couper les oreilles parce qu’ils avaient été trouvés en possession de drapeaux portugais le jour même où était annulée la visite de la délégation portugaise.
Des observateurs, proches de la Résistance, estiment que c’est l’Indonésie qui a décidé, au dernier moment, de faire capoter les négociations avec le Portugal au sujet de la visite d’une délégation parlementaire à Timor: le commandement militaire indonésien en effet ne s’estimait pas capable de contrôler les importantes manifestations indépendantistes qui se préparaient.