Retiré depuis plusieurs années, Mgr Fernandes était devenu célèbre dans toute l’Inde pour son courage devant les autorités civiles, ainsi que pour ses initiatives en faveur de l’inculturation dans l’Eglise.
Premier évêque indien de rite latin du Kerala, nommé en 1937, Mgr Jérôme, rompant avec la tradition occidentale, portait une soutane safran, la couleur distinctive des ascètes hindous. Dans les années 50, bien avant le second Concile du Vatican, il avait fait figure de précurseur en bâtissant églises et autels en style indien. La statue de la Vierge Marie vêtue d’un sari, qu’il fit sculpter pour le petit séminaire de Quilon, est connue dans toute l’Inde.
Il s’était fait aussi un ardent défenseur de la justice sociale. En 1947, alors que le premier ministre du royaume de Travancore voulait emprisonner Mgr James Kalassery, archevêque de Changanacherry, Mgr Fernandes vint publiquement au secours de celui-ci. Au moment de l’indépendance de l’Inde, il n’hésita pas à prendre position en faveur du rattachement de ce même royaume de Travancore à l’Union indienne nouvellement fondée. En 1958, il participa au mouvement populaire qui finit par obtenir la démission du premier gouverneur communiste élu au Kerala. En 1970 encore, il prit vaillamment la défense des institutions scolaires chrétiennes menacées par les autorités civiles.