Le cardinal Etchegaray a affirmé que le Vatican resterait neutre sur la question du statut politique du territoire

Sa première visite a été pour la cathédrale de Dili qu’il a qualifiée de « coeur » du diocèse. Il a déclaré aussi au cours de son séjour que la justice et la paix étaient nécessaires à l’harmonie sociale et que « le peuple de cette région doit être respecté pour lui-même, pour les personnes, pour leur culture et leur religion

Au cours du même discours, qui a duré trente minutes, le cardinal a aussi félicité Mgr Carlos Filipe Ximenes Belo, administrateur apostolique du diocèse de Dili, pour la direction diocésaine qu’il assure et parce qu’il est la voix de la majorité silencieuse de Timor Oriental : « Vous avez en lui un bon pasteur et un bon guide

Avant de quitter Dili, le cardinal Etchegaray a visité le cimetière de Santa Cruz où avait eu lieu le massacre de plusieurs dizaines de personnes par l’armée indonésienne en novembre 1992. Avant de quitter l’Indonésie, le cardinal Etchegaray a aussi été reçu par le président Suharto. L’entrevue qui était prévu pour trente minutes a en fait duré soixante-dix minutes. A la sortie, le cardinal a refusé de révéler les détails de la conversation.