Selon Human Rights Watch, les violations de la liberté religieuse au Vietnam concernent davantage les communautés protestantes, le bouddhisme unifié et le bouddhisme hoa hao

En ce qui concerne le christianisme, le rapport cite un certain nombre de faits survenus dans les communautés protestantes non reconnues dans les ethnies minoritaires. Malgré les textes de loi qui interdisent cette pratique, chez les H’mongs du Nord-Est et chez les H’mongs du Quang Ngai, la police aurait continué à forcer les fidèles à renoncer à leur foi. En février et en mars 2005, dans la province de Lai Châu, la répression religieuse menée par les militaires a forcé des familles chrétiennes h’mongs à fuir vers la Chine, la Birmanie et le Laos. Dans la province de Diên Biên, une campagne de quatre mois a essayé d’éliminer le protestantisme de la région. Sur les hauts plateaux, le gouvernement continue de pourchasser le christianisme « Dega qualifié de « forme de christianisme évangélique » par le rapport et interdit par le gouvernement comme subversif. Depuis 2001, trois cents chrétiens montagnards ont été emprisonnés après avoir été accusés de séparatisme. Le rapport mentionne enfin que l’Eglise mennonite, non reconnue, reste sous surveillance. Son secrétaire général, le pasteur Nguyên Hông Quang, a été libéré, mais un de ses adjoints, Pham Ngoc Thach, reste en prison.

L’association de défense des droits de l’homme expose ensuite la situation du bouddhisme unifié, qui était autrefois la plus vaste organisation bouddhiste du pays. Le gouvernement refuse de reconnaître ce groupe. Son patriarche, le vénérable Thich Huyên Quang, et son second dans la hiérarchie, Thich Quang Dô, sont consignés sans jugement dans leurs monastères respectifs sous surveillance policière et avec interdiction de recevoir certaines visites d’étrangers.

Le rapport s’étend ensuite sur la situation dramatique des fidèles du bouddhisme hoa hao en 2005. Depuis juin 1999, cette religion est placée sous tutelle du gouvernement. En février 2005, deux fidèles accusés de production illégale de films vidéo ont été arrêtés. En juin 2005, à la suite de la dispersion d’assemblées religieuses par la police, une lettre ouverte a été envoyée au gouvernement central. N’obtenant pas de réponse, les fidèles ont entamé une grève de la faim. En août, la tension est encore montée. Deux fidèles se sont immolés par le feu pour protester contre la répression gouvernementale et l’arrestation de leurs leaders. A la même époque, sept fidèles ont été condamnés à de lourdes peines de prison.

Le rapport mentionne enfin le jugement prononcé en juillet 2005 contre neuf fidèles caodaïstes à des peines allant de trois à treize ans de prison. Ils avaient été arrêtés au Cambodge, où ils étaient venus clandestinement pour présenter une lettre de protestation aux pays de l’ASEAN en réunion à Phnom Penh.